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為防干裂，出廠前透析袋一般都經10%的甘油處理，透析袋中含有微量的硫化物、重金屬和一些具有紫外吸收的雜質，它們對蛋白質和其他生物活性物質有害，用前必須除去。新購進的普通型透析袋必須經過處理才能使用。

方法一：
把透析袋剪成適當長度（10-20cm）的小段。
在大體積（500ml）的2%（w/v）的碳酸氫鈉和1mmol/L EDTA2Na（pH=8.0）中將透析袋煮沸10min。
用蒸餾水*清洗透析袋。
放在500ml的1mmol/L EDTA2Na（pH=8.0）中將之煮沸10min。
冷卻后，置于30%或者50%的酒精中，放于4℃冰箱，必須確保透析袋始終浸沒在溶液內。從此時其取用透析袋必須戴手套。
在使用前要用蒸餾水將透析袋里外加以清洗干凈。
方法二：
可先用50%乙醇煮沸1h，再依次用50%乙醇、0.01mol/L碳酸氫鈉和1mmol/L EDTA（pH=8.0）溶液洗滌，最后用蒸餾水沖洗即可使用。
方法三：
實驗要求不高的可以用簡易方法處理。用沸水煮5至10min，再用蒸餾水洗凈，即可使用。
不過現在也有雜質含量極少，無需預處理，只需用去離子水清洗即可使用的即用型透析袋。這種透析袋具有特殊的生物技術膜，不含硫化物及金屬雜質。只是比普通型透析袋稍貴。